En el XIX, los problemas estructurales en las bóvedas que cubren la Iglesia, provocan su demolición, construyéndose las actuales de lunetos, decorando los muros al estilo neoclásico, el imperante en la época: pilastras acanaladas de orden corintio, entablamento muy moldurado...
De esta época son el Pórtico, los grandes arcos apuntados que aparecen a lo largo de los muros de la fachada de la Iglesia, la Sacristía Mayor y el cuerpo superior de la Torre de las Campanas.
El claustro se cubre con bóvedas de crucería de nervios muy abombados. El rasgo más importante y que lo hace prácticamente único en Aragón, son los arcos que abrían al jardín o patio interior, y que como se ha dicho, fueron realizados junto con los óculos, en ladrillo aplantillado, siendo tabicados en el siglo XVIII.

El conjunto de capillas en una de sus alas, son en su mayoría de época barroca, y fueron construidas por las Cofradías gremiales de la ciudad. Destacan sobre todo, la Capilla del Stmo. Cristo de la Parroquia, con una excelente talla del Crucificado, de finales del siglo XVI, la capilla de San Isidro, con bello retablo ornado de tablas igualmente del XVI, la del Descendimiento o de los Dolores, que sobresale por su arquitectura y decoración, la del Pilar con retablo de tablas de estilo protobarroco de inicios del XVII y la del Stmo. Cristo del Arca, con importante talla de Cristo yacente, articulada, s. XVII, contenida en un arca dorada del XVIII, y que constituye el eje de la ceremonia del Santo Entierro, de gran arraigo en la Ciudad.

La iglesia cuya estructura es de época medieval, está decorada –como se ha dicho- al estilo neoclásico, bóveda de lunetos y pilastras acanaladas de orden corintio.

Destacan sobre todo, el retablo del altar mayor obra de los hermanos Antonio y Gregorio de Messa, que lo realizaron entre 1683 a 1704. Posteriormente fue objeto de una intensa reforma –como se ha indicado- llevada a cabo en 1783 por Santiago Marsili y Diego Díaz del Valle, que consistió en su transformación al gusto academicista de la época, desapareciendo toda la frondosa decoración churrigueresca que originalmente ornaba este retablo, llegando a sustituir la titular. Todas las demás imágenes son de los hermanos Messa. Como se ha indicado está dedicado a la Asunción de María a los Cielos, con San Pedro y San Pablo apóstoles, apareciendo en las calles laterales San Sebastián y San Juan Bautista. En el cuerpo superior la Exhaltación de la Santa Cruz y en el remate el Ángel de la Guarda.

Es destacable el Frontal de estuco, fechado en 1688, debido al veneciano Ambrosius Mariesque, obra importante que resulta una perfecta imitación de taracea de mármoles, ofreciendo al espectador un variado jardín de flores y pájaros exóticos, de gran colorido que invita poderosamente a su contemplación.

El coro representa un conjunto sólo comparable a algunos de los más grandes templos aragoneses. La sillería de dos gradas, de finales del siglo XV, consta de 51 asientos, aunque con toda probabilidad llegó a contar originalmente con un número superior. No se conservan los remates o cresterías que en su estado primigenio debió lucir. Destaca la talla de los apoyamanos decoradas con diversas labores de tipo vegetal fundamentalmente. En el centro el gran facistol giratorio, rematado por una talla de cuerpo entero del Salvador –Resucitado-.

Él gran órgano, fechado en 1569, conserva su monumental caja, labrada a modo de retablo en madera de pino. A pesar de las reformas a las que ha sido sometida conserva la estructura principal de pilastras acanaladas, y entablamento moldurado, decoración de putti, guirnaldas etc.. Destacan en la parte superior, contenidas en sendas hornacinas las imágenes de cuerpo entero, de mediano tamaño, de los apóstoles Pedro y Pablo.
La balaustrada, junto con la verja que cierra el conjunto son posteriores, dando al a este espacio un encanto peculiar.

En la capilla de san Antón Abad, destaca el retablo, las imágenes de Santa Apolonia y Santa Águeda y sobre todo el busto procesional de San Nicolás de Tolentino, obra del s. XVI, de bulto redondo, y madera dorada con bellas labores en esgrafiado de pan de oro.
En frente, la capilla de San Esteban Protomártir, con bello retablo barroco de columnas estriadas anteriores, probablemente de finales del XVI principios del XVII. Destaca la gran pila bautismal, realizada a inicios del siglo XVIII, griotte francés, trasladada a este emplazamiento a finales del siglo pasado.

Ambas capillas se cierran con sencilla verja balaustrada de hierro colado, realizada en el año 1879, que hasta hace unos años estaba instalada en el presbiterio del altar mayor, antes de las reformas litúrgicas del Concilio Vaticano II.