Las siguientes capillas son posteriores a la reedificación de la Iglesia. De mediados del XIX, poseen cúpula con literna y tramo final donde se hallan los respectivos retablos.
La primera está dedicada a Nuestra Señora de la Peana, patrona de la Ciudad. Antiguamente era la capilla de los Reyes Magos a la que se unió la Sala Capitular que corresponde al actual tramo del presbiterio de esta capillla. Destacan el retablo barroco del s. XVII, el busto de la patrona de finales del siglo XVI (recientemente restaurado) sobre peana dorada del XVIII de gusto rococó y la excelente talla de bulto redondo y cuerpo entero que representa a San Babil (o Babilas) Obispo de Antioquia, del siglo XVIII, atribuida a Mena, perteneciente en origen a la desaparecida Iglesia del Convento de San Agustín.
La devoción hacia Ntra. Sra. de la Peana, arranca de antiguo, adquiriendo un auge extraordinario a partir de 1789, en que es proclamada popularmente patrona de la ciudad. Como se ha indicado se trata de un busto, de finales del XVI, decorado con excelentes labores vegetales y florales tanto en el manto como en la túnica, realizadas en estofado y esgrafiado en pan de oro.
Las fiestas patronales se celebran en torno al primer Domingo de Mayo (Día de la Virgen) destacando la máxima expresión religiosa contenida en la Procesión del Rosario de Cristal, construido en 1928, que se celebra al caer el día.

En la capilla del Corazón de Jesús, aparece el Retablo de estilo neogótico, obra de los hermanos Albareda, construido en 1930. El retablo original, se halla desmontado a la espera de su completa restauración con objeto de devolverlo a su ubicación original. Se trata de una interesante obra de la primera mitad del siglo XVII, de estilo barroco, y madera policromada, dedicado al culto a Ntra. Sra. del Rosario.
En una hornacina, destaca una bella imagen de la Purísima Concepción, talla de madera policromada, perteneciente al siglo XVII.

En la siguiente capilla, llaman la atención dos retablos. El que preside este espacio, cuajado de reliquias, es un interesante ejemplo del renacimiento herreriano, de principios del s. XVII, ejecutado en madera dorada con cuidadas labores en estofado de pan de oro. Dedicado a Ntra. Sra. del Rosario y a Santo Domingo de Guzmán, se halla ornado de interesantes bustos relicarios, arquetas etc.. que custodian una impresionante lipsanoteca, quizás una de las más ricas de nuestro país, por el elevado número de reliquias que posee. En la predela destacan las bellas tablas con pintura al óleo, sobre todo la central donde se muestra la Adoración de los Reyes.

Originalmente este retablo se hallaba –hasta el siglo XIX- en la actual Sala Capitular, fundada por el Obispo dominico, natural de Borja, D. Juan López de Caparroso, prelado de Monópoli (actual Italia). Para ello dotó de numerosas reliquias que fue recopilando durante su estancia en la península itálica.
El otro retablo de estilo plateresco –actualmente dedicado al Sgdo. Corazón de María- no conserva sus imágenes originales, salvo la Lamentación de su remate, todas las demás son de moderna factura. Las interesantes labores, que cubren toda la superficie, desgraciadamente fueron repintadas, ofreciendo en la actualidad, una visión muy alejada conforme a su estado primitivo.

Desde esta capilla, bajando por las escaleras de piedra sillar, se accede a la Cripta o “Panteón del Cabildo”, de finales del siglo XVII, actualmente en proceso de restauración. Se cubre con bóvedas de arista, y de lunetos, apareciendo un interesante boceto de San Miguel Arcángel pesando las Almas.
La Sala Capitular, como se ha indicado anteriormente, fue fundada por el Obispo López de Caparroso. A partir del siglo XIX fue utilizada como Sala para las deliberaciones capitulares. Destaca ante todo las bellas labores del siglo XVIII, que decoran la cúpula y linterna de esta capilla, donde se representan profusamente las armas del Prelado. A un lado enmarcado por abultadas labores se halla el retrato que representa al Obispo sedente, de cuerpo entero, vestido con los hábitos de la orden dominica y los atributos propios de su dignidad episcopal. Es un lienzo pintado al óleo, de calidad, de principios del XVII.
Como se puede observar, tras la titular del retablo del Altar Mayor hay un óculo eucarístico, que abre al Trasagrario, sencilla capilla de finales del XVII, cubierta de cúpula ciega, decorada con un rosetón dorado de abultada decoración. En este espacio se reservaba la Eucaristía, constituyendo el verdadero Sagrario de la Colegiata. Se accede desde el lado actual de la epístola a través de anchas escaleras, donde aparece un barandado de madera de finales del XVII. Actualmente no es visitable.
La Sacristía Mayor de época neoclásica, conserva la titular original del retablo mayor, obra de madera, debida al buril de Gregorio de Messa y Martínez, quién la realizó en el año 1692. Decoran la Sacristía los calajes realizados en nogal, s. XVI-XVII y dos interesantísimos espejos de estilo rococó, de enmarcación en madera dorada.
Tras la Sacristía la antigua capilla del Crucifijo, cubierta por bóveda de arista, e interesante pila de lavabo, del XVII-XVIII, en piedra negra de Calatorao.